Saab heeft de dieseluitvoeringen zodanig aangepast dat er een CO2-uitstoot van minimaal 119g/km kon worden gerealiseerd, in sommige landen – helaas niet de onze - een belangrijke grens voor belastingvoordelen. Er is gewerkt aan gewichtsverlaging, verbetering van aerodynamica en aan de banden, die nu een lagere rolweerstand hebben. Om die reden is ook de eindoverbrenging van alle transmissies iets verlengd, zonder dat de acceleratie en topsnelheid worden beïnvloed. Een schakelindicator is voortaan ook standaard.

Tegelijkertijd zijn de motoren krachtiger dan de voorgaande 120 en 150 pk-variant. Saab levert de 9-3 nu met de 1.9 TTiD met 130 160 of 180 pk. De minst krachtige variant is de zuinigste en komt tot 4.5l/100km, de Sport-Estate lust een tiende liter meer. Wie opteert voor de nieuwe topdiesel heeft 400 Nm aan de wielen, waarvoor - net als de 160 pk versie - 5.1l/100km diesel wordt teruggevraagd. Deze consumptie gaat gepaard met 134 g/km CO2-uitstoot.

Nieuw in het 9-3 gamma is de 2.0 BioPower benzinemotor met 163 pk, standaard met XWD vierwielaandrijving. De krachtbron debuteert in alle modellen; Sport Sedan, Sport-Estate en 9-3X. Omdat deze motor ook op (een mix van benzine en) ethanol kan rijden geeft de boordcomputer ter informatie de brandstofsamenstelling in de tank aan.