Net als de Fiat Panda Dualogic of smart fortwo heeft de Skoda Cito Automaat een semi-automaat waarbij een geautomatiseerd mechanisme het koppelen en schakelen voor zijn rekening neemt. Met behulp van een tikje tegen de pook is eventueel wel zelf het schakelmoment te bepalen. Skoda levert de Citigo automaat als Ambition of Elegance, wat betekent dat centrale vergrendeling met afstandsbediening, snelheidsafhankelijke stuurbekrachtiging en elektrische raambediening vóór altijd aanwezig zijn. ESP, dagrijverlichting, zij-airbags, het proactieve remsysteem City Safe Drive en een EuroNCAP-score van de maximale 5 sterren sieren de veiligheid van de compacte Tsjech.

De nieuwe transmissie is zowel te combineren met de 1.0 MPI 60 pk als de 75 pk. Prijzen beginnen bij 10.060 euro (60 pk) en 10.730 euro voor de 75 pk variant. De meerprijs voor de Elegance bedraagt 900 euro en vijf in plaats van 3 deuren kosten 320 euro extra. Alle Citigo automaat varianten zijn wegenbelastingvrij en komen in aanmerking voor 20% zakelijke bijtelling.