Door de fout in de gordelspanner kan er brand ontstaan bij een aanrijding. Het gaat om in Japan geproduceerde exemplaren tussen 13 juni 2005 en 9 april 2007 of de in Europa geproduceerde tussen 7 november 2005 en 17 april 2007, te herkennen aan het chassisnummer dat begint met JTD of VNK.

In Japan worden worden er ook problemen met de uitlaat gemeld. Uiteraard worden de defecten kosteloos verholpen. In ons land gaat het om 14.000 exemplaren, wereldwijd zijn dat er 1.35 miljoen, waarvan het overgrote deel zich buiten Japan begeeft.

Twee jaar geleden werd er bij de Yaris een productiefout bij de bekleding van de voorstoelen geconstateerd, waardoor de zij-airbags mogelijk werden gehinderd. Ook de hoofdsteunen achterin moesten bij een aantal exemplaren worden vervangen.